Danubio participará por 7ª vez en la Copa Libertadores, su última presentación fue en el 2008. Las anteriores participaciones fueron en 1978, 1984, 1989, 2005 y 2007. En la edición de 1989 Danubio llegó a las semifinales del torneo.
Hasta el momento, Danubio disputó 38 partidos de los cuales ganó 12, empató 7 y perdió 19. Convirtió 43 goles y recibió 53. Lleva acumulados 43 puntos. Los máximos goleadores de Danubio en el torneo son Gustavo Dalto, Ruben Pereira y Ruben Da Silva con cuatro anotaciones cada uno.
Danubio debutó en el máximo torneo continental de clubes en abril de 1978 ante Peñarol en el Centenario. En aquella Copa participó del grupo 4 que también integraban Junior y Deportivo Cali de Colombia. Fue dirigido por Pedro Ramón Cubilla.
En la década del ochenta participó en dos ocasiones. En 1984 dirigido por Óscar Washington Tabárez y en 1989 cuando avanzó hasta semifinales conducido por Ildo Maneiro. En aquella edición superó el grupo 5, derrotó a Nacional en octavos de final y luego al Cobreloa de Chile. Quedó eliminado frente al futuro campeón, el Atlético Nacional de Medellín.
Las últimas tres participaciones de Danubio fueron en el siglo XXI. En 2005 dirigido por Gerardo Pelusso quedó eliminado en fase de grupos, luego en 2007 comandado por Gustavo Matosas no logró superar la primera fase ante Vélez y en la última participación fue dirigido por Gustavo Dalto, quien es el único que defendió a Danubio como jugador y técnico en Copa Libertadores.
Participaciones de Danubio en la Libertadores
1978
Grupo 4
Peñarol 4 – 2 Danubio (José Hermes Moreira y Eliseo Rivero)
Junior 0 – 0 Danubio
Deportivo Cali 2 – 0 Danubio
Danubio 1 – 2 Peñarol (José Hermes Moreira)
Danubio 0 – 0 Junior
Danubio 3 – 0 Deportivo Cali (Jorge Correa y Daniel Godoy -2)
Director Técnico: Pedro Ramón Cubilla
1984
Grupo 4
Danubio 0 – 1 Nacional
9 de octubre 2 – 2 Danubio (Rubén Sosa y Abraham Yeladián)
El Nacional 3 – 0 Danubio
Nacional 1 – 0 Danubio
Danubio 5–1 9 de octubre (Yubert Lemos -3 y Rubén Sosa -2)
Danubio 1 – 0 El Nacional (Néstor Silva)
Director Técnico: Óscar Washington Tabárez
1989
Grupo 5
Danubio 4 – 1 Peñarol (Ruben Da Silva y Ruben Pereira -3)
The Strongest 1 – 0 Danubio
Bolívar 3 – 1 Danubio (Gustavo Dalto)
Peñarol 2 – 0 Danubio
Danubio 1 – 0 Bolívar (Edison Suárez)
Danubio 1 – 0 The Strongest (Ruben Pereira)
Segunda fase
Danubio 0 – 0 Nacional
Nacional 1 – 3 Danubio (Daniel Sánchez, Gustavo Dalto y Ruben Da Silva)
Tercera fase
Cobreloa 0 – 2 Danubio (Gustavo Dalto y Rubén Da Silva)
Danubio 2 – 1 Cobreloa (Ruben Da Silva y Gustavo Dalto)
Semifinales
Danubio 0 – 0 Atlético Nacional
Atlético Nacional 6 – 0 Danubio
Director Técnico: Ildo Maneiro
2005
Grupo 2
Danubio 3 – 0 Liga de Quito (Ignacio Risso, Ignacio González y Omar Pouso)
Santos 3 – 2 Danubio (Ignacio González y Jadson Viera)
Danubio 2 – 0 Bolívar (Omar Pouso y Bruno Silva)
Bolívar 2 – 0 Danubio
Danubio 1 – 2 Santos (Omar Pouso)
Liga de Quito 1 – 1 Danubio (Ignacio Risso)
Director Técnico: Gerardo Pelusso
2007
Primera fase
Vélez Sarsfield 3 – 0 Danubio
Danubio 1 – 2 Vélez Sarsfield (Cristian Stuani)
2008
Grupo 2
Lanús 3 – 1 Danubio (Leonardo Abelenda)
Deportivo Cuenca 0 – 0 Danubio
Danubio 1 – 2 Estudiantes (Pedro Irala)
Estudiantes 2 – 0 Danubio
Danubio 2 – 0 Deportivo Cuenca (Damián Malrechauffe y Alejandro Lembo)
Danubio 1 – 2 Lanús (Cristian Bardaro)
Director Técnico: Gustavo Dalto